Добрый день, Роман. Сам по себе режим АПВ или ПКВ не является проблемой, просто вот так получилось, что у нас насос слишком мощный для такой продуктивности, и работает периодически. Есть целые месторождения, где большинство скважин так работает, и там повсеместно проводят исследования.
При такой частоте включений / выключений колебания давления очень быстро затухают внутри пласта, и уже с ранних времен не будут влиять на форму КВУ.
В таких случаях нужно просто аккуратно посчитать средний  скважины перед остановкой, других особенностей интерпретации КВУ нет.